PCR儀在生命科學及醫(yī)學研究實驗室中廣泛使用，熒光定量PCR實驗法的普遍應用不僅僅表現在基因擴增方面，在以下實驗中也發(fā)揮著重要作用。

一、分子生物學研究方面 
1、核酸定量分析 通過核酸的定量擴增，從而達到病原微生物分析檢測的目的。比如通過咽拭子采集樣本，進行樣本PCR擴增的方式定向分析檢測流感病毒等。
2、基因表達差異化分析 通過 熒光定量PCR法來比較經過不同樣本間的基因表達差異。為下游實驗提供充分的實驗數據。
3、SNP 檢測：熒光定量分析實驗中常用TaqMan探針法即針對DNA 貨RNA上不同SNP位點進行獨立的PCR引物設計和TaqMan探針設計 ，再進行熒光PCR擴增、熒光PCR分析從而判別單核苷酸的多態(tài)型對特定藥物的反應 ，或單堿基多型等差異研究。
4、甲基化檢測 基因中的甲基化通常會抑制基因表達所以與生物體的生長發(fā)育調控有著密切的關系。比如受甲基化影響所造成的腫瘤類疾病。而在 DNA修飾中通過去甲基化，在不改變基因序列的前提下，重新活化及基因表達，減少腫瘤細胞形成概率。通過電泳檢測MSP擴增產物，利用熒光應定量PCR 分析法對甲基化DNA鏈的引物片段進行PCR擴增可檢測到甲基化的存在位點。

 

二、醫(yī)學研究領域
在醫(yī)學研究方面熒光定量PCR常被應用在產前診斷，比如：醫(yī)學產檢過程中通過從孕婦的外周血液中分離出胎兒DNA， 用實時熒光定量PCR 的方法檢測染色體遺傳類疾病是產前遺傳病篩查的有效手段。另外，病原體檢測、藥效測試、腫瘤基因分析等方面也同樣離不開熒光定量PCR實驗分析法。